21명으로 구성된 관리위원회 위원의 임기는 4년이다. 관리위원회에서는 위원장 1인과 부위원장 2인을 두며, 위원장은 대의원 중 대의원회에서 선출하고 임기는 2년으로 한다. 부위원장은 위원 중에서 호선하고, 그 임기는 2년으로 한다. 또한 위원은 명예직으로 하며, 위원장은 관리위원회를 대표하고 사무를 총괄하며 위원장이 부득이한 사유로 직무를 수행할 수 없을 때에는 부위원장 중 연장자가 그 직무를 대행한다.

감사는 2인으로 임기는 2년으로 하고 연임할 수 있다. 감사는 닭고기자조금 운영 및 사무국의 운영에 관한 감사를 하고, 감사결과를 관리위원회와 대의원회에 보고한다. 또한 감사는 관리위원회에서 의견을 질술할 수 있으나, 의결권은 가지지 않는다. 한편 관리위원회의 효율적인 운용을 위하여 각 사업 부분 소위원회 및 자문위원회를 둘 수 있다.

관리위원회는 위원장이 소집하게 되며, 정기회와 임시회로 구분하되, 정기회는 분기별 1회 개최하고 임시회는 위원장이 필요하다고 인정할 때에 소집할 수 있다. 위원장은 회의개최일 7일전까지 회의사항을 서면으로 위원 및 감사에게 발송하여야 한다. 위원장은 위원 3분의 1이상 또는 감사로부터 회의소집의 요구가 있을 때에는 지체없이 위원회를 소집하여야 하며 소집요구는 회의목적 및 부의안건과 소집이유를 기재한 서면으로 하여야 한다.

관리위원회는 재적위원 과반수의 출석으로 개의하며 출석위원 과반수의 찬성으로 의결한다. ‘축산자조금의 조성 및 운용에 관한 법률' 제15조 제1항제2호 내지 제8호에 해당하는 위원이 회의에 참석하지 못하는 경우에는 본인이 지정하는 자에게 출석 및 의결권을 위임할 수 있다. 다만, 위임할 경우에는 위임장을 회의 개최 전까지 위원장에게 제출하여야 한다. 감사ㆍ사무국장은 위원회에 출석하여 의견을 진술할 수 있다.

또한 관리위원회는 안건을 심의함에 있어 관계직원 또는 외부인사를 출석시켜 안건에 대한 설명이나 의견을 청취할 수 있다.

관리위원회의 의사에 관하여는 의사록을 작성하여야 한다. 의사록에는 의사의 진행상황 및 그 결과를 기재하고 위원장과 출석위원 2명이 이에 기명날인한다. 의사록은 차기회의에서 낭독ㆍ접수시켜야 한다.